במחצית המאה ה-19 חיו במצרים כ-6,000 יהודים, וכעבור פחות מ-70 שנה הגיע מספרם ל-60 אלף. היהודים במצרים התחלקו לארבע קבוצות: ספרדים, קראים, יהודים-מצרים וקבוצה של אשכנזים שהיגרו ממזרח אירופה למצרים במהלך המאה ה-19. מצרים, ובעיקר קהיר, הייתה בשנים אלו פסיפס קוסמופוליטי. הקהילה היהודית נוהלה בידי נכבדיה העשירים. בשנת תרנ"ו (1896) הוקם בקהיר בית ספר יהודי מודרני מטעם 'אליאנס – כל ישראל חברים'. עד תרס"ה (1905) נפתחו מטעם החברה עוד שבעה בתי ספר באלכסנדריה, טאנטה וקהיר. בתי הספר של 'כל ישראל חברים' מומנו על ידי עשירי הקהילה ושימשו את הילדים העניים בקהילה היהודית. אותם נכבדים עשירים שלחו את ילדיהם ללמוד בבתי הספר הנוצריים מתוך אמונה כי שם יזכו לחינוך יוקרתי ומערבי. מהלך זה הביא להתרחקותם של יהודי מצרים משמירת מצוות.
בשנת תרע"ה (1915) היגרו פליטים רבים מארץ ישראל לקהיר בשל מלחמת העולם. שנתיים לאחר מכן, עם פרסומה של הצהרת בלפור, גדלה הפעילות הציונית במצרים וקיבלה ביטוי בהקמת ההסתדרות הציונית המצרית. בשנת תש"ה (1945) החלה מתחזקת הלאומיות המצרית והדבר גרר התפרעויות נגד כל מי שאינו מצרי, לרבות היהודים שפוטרו ממשרותיהם ונעצרו. ערב הקמת מדינת ישראל היו בקהיר 41,860 יהודים. לאחר עליית נאצר לשלטון בשנת תשי"ב (1952), עלו כ-8,000 יהודים לישראל. בשנת תשי"ד (1954) נתגלו תאי מחתרת יהודיים בקהיר והוחרפה העוינות. נוסף על כך, בעקבות מלחמת סיני, בשנת תשט"ז (1956), הוחרם רכוש יהודי ונסגרו מוסדות הקהילה. רבים עזבו לישראל ובתש"כ (1960) נותרו במצרים כולה כ-8,500 יהודים. לאחר מלחמת ששת הימים עזבו בהדרגה רוב היהודים את מצרים.
קהילת יהודי מצרים הזמינה את חכם חיים נחום אפנדי בשנת תרפ"ה (1925) לשמש כרב הראשי של הקהילה. בהמשך מונה לחבר מועצת המחוקקים המצרית ונמנה עם המייסדים של האקדמיה ללשון הערבית בקהיר. הרב נחום אפנדי היה חוקר פורה ובין מפעליו הגדולים ניתן למנות את התרגום לצרפתית של כל הפירמאנים (צווים) העות'מאניים שנשלחו למצרים, סיוע בהקמת אגודה ללימודי ההיסטוריה של יהודי מצרים, פעילות בנושאים בין לאומיים וסיוע ביצירת קשרים בין קהילות יהודיות שונות בעולם. לדוגמה, הוא פרסם מחקר על יהדות אתיופיה וסייע לכמה יהודים מאתיופיה להגיע ללימודים במצרים.

חכם חיים נחום אפנדי תמך בחינוך שהעניקו ב'אליאנס – כל ישראל חברים'. הוא האמין כי אין סתירה בין קדמה לשמירת אורח חיים יהודי דתי. מתינותו ניכרה ברבות מהכרעותיו בנוגע לקהילת יהודי מצרים. בגיל 78 הוא איבד את ראייתו, אך למרות זאת המשיך לבצע את מטלותיו כמיטב יכולתו והמשיך לכהן כרב הראשי של יהודי מצרים עד פטירתו, בשנת תש"כ (1960).