מראשית המאה ה-16 עד שנת תק"צ (1830) רוב חלקי אלג'יריה של ימינו היו חלק מהאימפריה העות'מאנית ובשליטתו של שליט מקומי מטעמה. התקופה העות'מאנית באלג'יריה הייתה רווית מאורעות קשים בעבור היהודים. היהודים לא זכו באלג'יריה לביטחון ולהגנה כמו בחלקים אחרים של האימפריה העות'מאנית. ליהדות אלג'יריה היו כמה מרכזים גדולים בעלי מאפיינים שונים במקצת: אלג'יר, קונסטנטין, תלמסאן, אוראן וגרדאייא. קהילות יהודיות היו פרוסות גם בערים קטנות יותר ברחבי המדינה.
עם החלת שליטתה של צרפת על אלג'יריה בתק"צ (1830), תמכו יהודי אלג'יריה בשלטון הצרפתי שנתן ל-35,000 יהודי אלג'יריה אזרחות צרפתית לפי "צו כרמיה". בעקבות הצו החלו הקהילות היהודיות להתרחק מעט מהדת ולהשתלב בחברה הצרפתית כבעלי מעמד גבוה. לצד זה, הצו גרם להגברת האנטישמיות מצד התושבים המקומיים. שיאה של האנטישמיות היה בשנת תרנ"ז (1897), אז פרצו ברוב ערי המושבה פרעות נגד היהודים שגרמו לפגיעה חריפה בחיים וברכוש. מאחר שהיו בעלי אזרחות צרפתית שלחו מרבית היהודים את ילדיהם לבתי הספר הממשלתיים הצרפתיים שבהם קיבלו חינוך צרפתי-חילוני. בתי הספר הצרפתיים דחקו את רגלי החינוך היהודי-מסורתי שהיה הבסיס לעיצוב הזהות הדתית של הקהילה ולחיי הרוח והתרבות שלה עד אותה התקופה. מעמדם של הרבנים והמנהיגות המקומית ירד ומעמדם של צעירים בוגרי מערכת החינוך הצרפתית ובעלי מקצועות חופשיים עלה. לצד בתי הספר הממשלתיים הצרפתיים פעלו באלג'יריה שלושה בתי ספר של חברת 'אליאנס – כל ישראל חברים', שהציעו חינוך משולב, יהודי לצד צרפתי. בשנת תר"ס (1900) התחדש תלמוד התורה המעורב לבנים ובנות של הרב מרעלי תחת חסות 'אליאנס – כל ישראל חברים' בעיר אלג'יר. מלבדו נפתחו בתי ספר של החברה בערים קונסטנטין ואוראן.
בשיאה מנתה יהדות אלג'יריה כ-130,000 נפשות. רוב יהודי אלג'יריה היגרו בשנת תשכ"ב (1962) לצרפת וחלקם עלו לישראל. שני נציגים יהודים מאלג'יריה, אדוארד אטאלי וד"ר אז'ן ואלנסין, השתתפו בקונגרס הציוני הראשון בבזל, ומראשיתה של התנועה הציונית החלו רעיונותיה להיות מופצים גם באלג'יריה. עם זאת, רוב תושבי הקהילות היו באותה עת בעיצומו של תהליך השתלבות בחברה ובתרבות הצרפתית ולא ראו בעלייה לארץ ישראל אפשרות רצויה או מעשית בעבורם.

רבי יצחק מרעלי הוא דמות מרכזית בין משוררי אלג'יריה וחכמיה. בן לאחת מהמשפחות היהודיות העתיקות, האצילות והמכובדות באלג'יריה. יצחק מרעלי היה בנו של דוד מרעלי, סוחר שהצליח במסחר והיה ממקימי בית הספר "עץ חיים". אמו, סולטנה, הייתה אשת חיל שידעה לקרוא עברית והייתה בקיאה בתנ"ך ובמדרשי חז"ל. יצחק היה תלמיד חכם, בקיא במקורות היהדות ובמנהגי ישראל בכלל, ובעל דעות מקיפות בכל הנוגע ליהדות אלג'יריה ולמורשת יהדות אלג'יריה בפרט. הוא הצליח לאתר כתבי יד עתיקים של משוררים וחכמים אלג'ירים ופעל לחקור ולפרסם את שיריהם. הוא היה מורה ומחנך, משורר, חוקר ובלשן. הוא לא הפסיק את לימודיו גם כשניהל את בית המסחר של אביו והקדיש מזמנו ללמד עברית, דקדוק ותנ"ך. בתרנ"ב (1892) נשא אישה ועם הזמן נתמנה להיות מורה בתלמוד תורה "עץ חיים". כשהפך למנהל בית הספר ביקש את סיועם של 'אליאנס – כל ישראל חברים' והצליח להרחיב את פעילות בית הספר ולהבטיח שמירה על יהדותם של ילדי אלג'יר בתקופה שההתבוללות והמודרנה איימו על יהודי אלג'יר.