לניסים בכר לא היה זמן לסייר בבית הספר מפאת עומס העבודה. הוא טבע במשימות משרדיות, בשיחות עם מורים, תלמידים והורים ובטיפוח הקשרים עם אנשי הממשל התורכי. באותו חודש תמוז, תרנ"ז (1897), הוא יצא לסיור בבית הספר עם השליח של 'כל ישראל חברים', האדון בנדיקט, שהגיע לפקח על הנעשה בבית הספר "תורה ומלאכה". המנהל ניסים זכה להובילו בכל כיתה ובית מלאכה.

"האדון בנדיקט, פה תוכל לראות את חרשי הברזל. הם מכינים פנסי ברזל, מכסי בורות ומטפלים בתיקונים. לאחר כמה חודשים, הם מוכשרים לעבודות אומנות מלבד תיקונים." התלמידים לא היו מוכנים לביקור ונדמה שהסחת הדעת עוררה את סקרנותם. מר בנדיקט הנהן אליהם והמשיך בעקבות ניסים שכבר היה בדלת.
"פה, בכיתה מימין, עובדים הנערים החרוצים בחריטות עץ על כלים שונים. כרגע, כפי שאתה רואה, הם מייצרים כיסאות חרוטים בסגנון צרפתי." בכר היה איש מעשה והמעיט בדיבורים, מר בנדיקט הבין שלא יוכל לקבל את כל המידע ממנו ולכן ניגש לאחד הנערים.
"אתה יודע מה גורלם של אותם כיסאות לאחר החריטה?" שאל המפקח.
"בהחלט, הם מיועדים למכירה," ענה הנער הנרגש. "אני מקווה שנמכור אותם בעבור מחיר טוב ונוכל להרוויח קצת כסף לחיות."
"כמובן, הכסף מיועד גם לשכר לימוד לתלמידים נוספים ולקניית ציוד," ניסים בכר התערב.
"את כל הסחורה שאתם מייצרים אתם מצליחים למכור?" שאל המפקח בנדיקט.
"בוודאי, אחרת לא היינו מייצרים אותה," ענה התלמיד, "אנחנו מייצרים דברים יפים שאנשים זקוקים להם. לאנשים פה בירושלים יש אהבה לאמנות אבל אין כסף לקנות יצירות שכאלו, הם בקושי קונים אוכל. גם בכיתות התפירה והסנדלרות יש רווחים מקנייה של הסחורה."
"יפה מאוד, אין ספק שמדובר במוצרים שאנשים זקוקים להם. אשריכם שאתם מסייעים בהקלת חייהם של תושבי העיר והארץ," המפקח בנדיקט לחץ את ידו של הנער הנרגש והודה לו.
ניסים בכר המשיך, "את מחלקות הציור והפיסול אנחנו מחזיקים בזכות סיוע של הברון רוטשילד ורעייתו. הם רואים חשיבות באומנות בסגנון הניאו קלאסי והבארוק הצרפתי".
"יפה, יפה!" אמר בנדיקט "אמור לי, מר ניסים, מהיכן מגיעים התלמידים לבית הספר שלכם?"
"מכל מדינות המזרח ומעדת הספרדים פה בירושלים. מנהיגי האשכנזים התנגדו להקמת בית הספר ולא תומכים בו או שולחים ילדיהם לכאן. הבולטים והמוכשרים בתלמידינו הם התימנים. הם בעלי תפיסה מהירה, חרוצים ולומדים היטב את כל המלאכות. גם הבוגרים שבהם מצליחים לפרנס את עצמם בקלות." עיניו של בכר הביעו שביעות רצון.
"מעניין, והיכן גרים אותם התלמידים הבוגרים לאחר סיום לימודיהם?" המשיך לשאול.
"פה בפנימייה, יחד עם תלמידי בית הספר." פניו הרצינו, "ראינו את כל הלחץ אשר בירושלים, יושביה רבים והפרנסה מעטה והתחרות גדולה, בוגרינו בחרו רק בערים אחדות בארץ ישראל לשבת בם ולא יכלה הארץ לשאת אותם יחד. היינו שמחים אילו תלמידינו היו מביאים את אומנותם לערים אחרות ותורמים לתושבי אותה העיר, אבל כרגע הם נשארים בירושלים והתחרות על שירותיהם גדלה כל שנה."
"אדון ניסים, אם הבוגרים נשארים בבית הספר ומשמשים פועלים, בית הספר מקבל צורה של בית חרושת ולא של בית לימוד." בנדיקט לא אהב את התשובה שקיבל מהמנהל ניסים ובסיום ביקורו הוחלט שבית הספר לא ישמש בית לבוגריו בסיום לימודיהם. על כל תלמיד להתפרנס בכוחות עצמו. החזון של בנדיקט היה שליחת בעלי המלאכה חזרה לעריהם ולארצות שבאו מהם, כך יוכלו ללמד עוד נערים את אומנותם ולהעביר את התורה הלאה.
בארגון 'כל ישראל חברים' תמכו באדון בנדיקט, הרי זו הייתה אחת הסיבות להקמת בית הספר. מי שהיה שם בשנת 1867 זוכר כיצד הם נתקלו בהתנגדות של העדה האשכנזית להקמת בית ספר, מתוך חשש שהדבר יפגע בחינוך החרדי. שנה לאחר מכן, אליאנס פתחו בית ספר שנסגר ו-11 שנה מאוחר יותר הם רכשו את הקרקע ברחוב יפו. בשנת 1882 הוקם עליה בית הספר לבנים "תורה ומלאכה" בראשות המנהל ניסים בכר וברבות השנים חיפש לו ניסים בכר מחליף. אלברט אברהם ענתבי נבחר בברכתו של בכר לנהל את בית הספר בשנת 1897, תוך שניסים בכר מעורב בנעשה.
"מה התוכניות שלך, המנהל אברהם ענתבי?" ניסים בכר שאל בחיוך.
"בית הספר עובד כל כך טוב ואני רוצה עוד כיתות מלאכה. אולי נוסיף לו מקצועות אומנות נוספים? צורפות? סיתות אבן? סריגה מלבד תפירה?" הציע ענתבי.
"סריגה וצורפות הן רעיון טוב. בית הספר שלנו מחפש מלאכות שנדרשות לקונים, מוצרי חולין שישמשו כל בית," המליץ בכר.
"החשוב ביותר הוא לפעול להקמת סדנת אריגה. יש ביקוש לשטיחים מחממים אצל הקונים." ענתבי האמין שאומנות האריגה תביא פרנסה לתלמידיו שחוששים מחיי עוני.
"ענתבי, אני סומך עליך שתרחיב את המלאכה!" בכר סיכם.
ענתבי הרחיב את כיתות הלימוד והכניס את המלאכות סריגה, תחרה וסיתות אבן. בשנת 1898 התקבלה הודעה לא שגרתית במשרד המנהל. "קיבלנו בקשה מיוחדת," פנה ענתבי לתלמידי סיתות האבן, "אתם מוזמנים להיות שותפים לצוות גדול ורחב בשיפוץ כיפת הסלע." הוא ידע שכמותו הם ישמחו לשתף פעולה עם הבקשה של הממשל התורכי. וכך, למשך כמה חודשים הפכו חלק מצוות פועלים גדול ורחב.
בית האריגה לשטיחים הוקם בבית הספר והתחיל מחדר קטן שבו עבדו שישה תלמידים. בהמשך הפך להיות מפעל גדול של חמישים עובדים, שפרנס כשבעים משפחות ממכירת התוצרת בשוקי העיר ירושלים וייצוא שלה לצרפת. אנשי ירושלים קנו בשמחה את השטיחים שעליהם נארגו דיוקניהם של הרצל, נורדאו, לורד בלפור, חיים ויצמן ועוד. כמותם, אזרחי צרפת אהבו את היצירות ששילבו סמלים של חירות, שוויון ואחווה כיאה לאמנות שהייתה פופולרית אז בצרפת.
ניסים בכר הבין כי בית הספר מתחיל להיות קטן מדי. שתי הקומות היו מלאות תלמידים ובוגרים ומספר הנרשמים עלה מדי שנה. בשנת 1898 נרכשה אדמה נוספת סמוך למבנה ושם הוקם מבנה בן שלוש קומות ושלושים חדרי לימוד לצד פנימייה. חנוכת הבית של המבנה הנוסף, בליל חנוכה הראשון של שנת תרנ"ח, היה טקס מרשים. להפתעת כולם, נציגי העדה האשכנזית הגיעו לטקס. עבודות התלמידים ודגלי תורכיה קישטו את המקום. בעקבות ההתרחבות נרשמו לבית הספר גם אשכנזים ואפילו מוסלמים ונוצרים שרצו מקצוע מפרנס ומכובד.
ענתבי לא עצר מלפעול. "עכשיו, כשהמקום כבר לא צר ל-300 תלמידים, חסרים מורים מלומדים ומקצועיים. עלינו להביא מורים יודעי מלאכה שהלמידה והתוצרת לא ייפגעו!" אמר ענתבי.
"אני חולם שכל המורים ילמדו בעברית," אמר ניסים בכר כאילו לא שמע את ענתבי.
"ניסים, זה בלתי אפשרי, שפת הצרפתית כשפת לימוד נהוגה בכל בתי הספר של אליאנס, הנהלת אליאנס לא תאשר כזה דבר. אתה רוצה לעורר מלחמה?" פסק ענתבי.
"חס וחלילה, אני אשכנע אותם שכך עדיף. הילדים ילמדו צרפתית, אך שפת המורים בחדרי המלאכה ובשיעורים תהיה עברית – שפתה של ארץ ישראל. יש לנו גם האדונים אליעזר בן יהודה ודוד ילין שישמחו להירתם לכך, והעברית שלהם כמובן רהוטה." יהודים דוברי עברית בארץ ישראל, זהו חזון אחרית הימים. בשביל ניסים בכר היה זה חלום בר מימוש.